A economia joaquinense é basicamente concetrada na agropecuária. Tendo a produção de frutas de clima temperado como principal fonte de renda, o municipio conta com baixa densidade de industrias, comércio em desenvolvimento e atividade rural forte.
Na produção de frutas, destacamos a pera, a uva e a maçã, principal fruto da cidade, que movimenta mais de 50% da econômia local, desde os pequenos produtores até as grandes empresas, que se utilizam das boas condições climaticas e de solo para obter umas das melhores maçãs do mundo.
Tendo a produção de maçã chegado a seu potencial máximo, novas culturas estão sendo adquadas e implantadas na cidade. Destaque para a vitivinicultura, concentrada na produção de vinhos finos, traz a São Joaquim um novo patamar de desenvolvimento. Com investimentos de alto padrão, que garantem vida longa a atividade e a tornam abrangente também no setor de turismo.
Com a participação timida da extração vegetal (corte de madeira) e da industria, São Joaquim agrega a cada ano a atividade do turismo como uma alternativa a mais na economia da cidade. O crescente número de pousadas, hotéis e restaurantes, mostram uma mudança significativa no municipio.
Aos poucos, São Joaquim cresce e se desenvolve, deixando de lado a monocultura e agregando valor real a sua cidade e comunidade. Sem dúvida nenhuma um diamante a ser lapidado.